Kuinka dokumentoida R-analyysisi saumattomasti R Markdownin avulla

Kuinka Dokumentoida R Analyysisi Saumattomasti R Markdownin Avulla



Monipuolisella R Markdown -muodolla voit helposti sisällyttää tekstin, suoritettavan R-koodin ja sen tulokset yhdeksi tiedostoksi. Useita staattisia ja dynaamisia tulostusmuotoja, kuten PDF (.pdf), Word (.docx) ja HTML (.html), voidaan helposti muuntaa näistä tiedostoista. Hyvin kirjoitetulla R Markdown -tiedostolla on se etu, että se on toistettavissa. Tämä tarkoittaa myös sitä, että voit rakentaa paperin uudelleen muuttamatta todellista tiedostoa, jos havaitset tiedon kopiointiongelman tai pystyt lisäämään uutta tietoa tutkimukseen. Koska RStudiossa on jo sisäänrakennettu R markdown -paketti, sen asentaminen ei vaadi esivaiheita.

Testikoodi

Ennen kuin aloitat R Markdownin, varmista, että R on asennettu järjestelmääsi. Sen ohella RStudio pitäisi julkaista tällä hetkellä. Ensin luomme komentosarjan tietojoukolle, jota käytämme R Markdown -tiedostossa.

Tuomme 'tietojoukot' -kirjaston R:stä lähdekoodialueen sisällä. Sisäänrakennetut tietojoukot voidaan noutaa tämän kirjaston avulla. Joten 'AirPassengers' -niminen tietojoukko noudetaan 'data' -toiminnolla ja tehdään yhteenveto 'yhteenveto'-funktiolla.







Lopulta plot()-funktiota käytetään tähän tietojoukkoon saadakseen kaavion/kaavionäkymän tietystä tietojoukosta. Tämän koodin suorittamisen jälkeen saamme tämän tietojoukon yhteenvedon, joka näkyy konsolissa.



kirjasto ( tietojoukot )

tiedot ( 'Lentomatkustajat' )

yhteenveto ( Lentomatkustajat )

juoni ( Lentomatkustajat )



RStudion oikeanpuoleisessa ruudussa näet myös AirPassengers-tietojoukon kaavion. Nyt käytämme tätä koodia R Markdown -asiakirjassamme.





R MarkDownin käytön aloittaminen RStudiossa

Aloittaaksesi R Markdown -tiedoston, sinun on käytettävä RStudion vasemman yläkulman ikkunan ”Tiedosto”-valikkoa. Napauta sitä ja laajenna käytettävissä oleva 'Uusi tiedosto' -vaihtoehto. 'Uusi tiedosto' -vaihtoehdosta löydät 'R Markdown' -vaihtoehdon luettelosta. Napauta sitä luodaksesi sellaisen.



Uusi 'New R Markdown' -ikkuna ilmestyy RStudio-näytölle. Koska haluamme luoda R Markdown -asiakirjan, meidän on valittava 'Dokumentti' vasemmasta ruudusta. Nyt voit nimetä asiakirjasi 'Otsikko'-kentän avulla. annoimme sille nimeksi 'testi'.

Voit myös antaa nimesi tämän asiakirjan kirjoittajana, eli 'John'. Viimeiseen kenttään sinun on annettava päivämäärä, jolloin loit R Markdown -asiakirjan. Voit myös käyttää valintaruutua hahmontaaksesi asiakirjan päivämäärän aina, kun päivität sen.

Nyt sinun on valittava tiedostosi oletustulostusmuoto, eli html, pdf tai Word. Meidän tapauksessamme valitsemme 'HTML' tiedoston oletustulostusmuodoksi. Napauta ”OK”-painiketta jatkaaksesi R-merkintätiedoston näytetiedoston luomista. Voit myös käyttää 'Luo tyhjä asiakirja' -painiketta luodaksesi tyhjän Markdown-tiedoston.

Vaihda visuaaliseen tilaan muokkausta varten

Esimerkki R Markdown -tiedosto avataan RStudio Source -alueella. Nyt voit muokata tätä Markdown-esimerkkitiedostoa tarpeidesi mukaan. Tämä Markdown-mallitiedosto on jaettu kolmeen osaan. Osaa, joka alkaa ja päättyy '-'-merkillä, kutsutaan Markdown-tiedoston otsikoksi. Se sisältää tiedot, jotka annoit luodessasi esimerkkimerkintätiedostoa, eli otsikon, tekijän, päivämäärän ja tulostusmuodon.

'## R Markdown' -osa, mukaan lukien tekstirivit, on tämän merkintätiedoston 'teksti' -lohko. Voit myös päivittää sen ja sijoittaa siihen tekstisi. '## R Markdown' on otsikko, joka voidaan myös päivittää. Seuraava osa, joka alkaa kolmella '`'-symbolilla, tarkoittaa 'Code Chunk' -osaa, joka on tarkoitettu koodinpätkien lisäämiseen. Koodausosaan voi liittyä myös 'plots'-osa, joka on erityinen kaavioiden luomiseen koodien avulla.

Siirrymme R Markdown -tiedoston 'Visual' -tilaan käyttämällä 'Visual' -painiketta avatun RStudio-ikkunan tehtäväpalkista. Äskettäin avautuva ikkuna tarjoaa ohjeita visuaalisessa tilassa liikkumisesta. Napauta 'Käytä visuaalista tilaa' -painiketta avataksesi visuaalisen tilan.

Muokkaa mallitiedostoa

Nyt R Markdown -näytetiedoston muokkaustila 'Visuaalinen' käynnistetään. Voit muotoilla, lisätä ja muokata koko tiedostoa tehtäväpalkin valikoissa. Emme esimerkiksi päivittäneet Otsikko-osaa, mutta korvasimme Otsikko-otsikot 'Teksti'- ja 'Plots'-lohkoille. Korvaa malliteksti uudella tekstillä ja lisää uusi koodi koodialueelle. Päivitimme myös tämän tiedoston 'Plot'-lohkon sivuttain.

Tallenna tiedosto

Käytä nyt RStudion tehtäväpalkissa olevaa 'Neulo' -painiketta asiakirjan luomiseen.

Nyt RStudio kysyy sinulta tallennettavan uuden Markdown-tiedoston sijaintia ja nimeä. R Markdown -tiedoston tyyppi on oletuksena '.Rmd'. Nimeämme sen 'testiksi' seuraavan kuvan mukaisesti ja tallennamme sen 'D'-asemaan 'Tallenna' -painikkeen kautta:

Kun olet tallentanut juuri luodun R Markdown -tiedoston, RStudio saattaa osallistua pieneen käsittelyyn asiakirjan näyttämiseksi. Sitä ennen se saattaa pyytää sinua aloittamaan uuden istunnon avaamalla seuraavan ikkunan. Napauta 'Aloita uusi istunto' jatkaaksesi:

Tarkista Markdown-asiakirja

Hetken kuluttua RStudio aloittaa uuden istunnon ja juuri luodun R Markdown -dokumentin avaamisen erillisessä ikkunassa RStudion kautta. Tiedosto sisältää 'Header'-lohkonsa, jonka tiedoston otsikko on 'Testi', jota seuraa tekijän nimi ja luontipäivämäärä. Koodi- ja kuvaajalohko näyttää 100-prosenttisesti saman lähdön, joka näkyy 'Testi'-koodiulostulossa.

Johtopäätös

Tämä opas tarjoaa parhaan esittelyn R-kielen käyttämisestä asiakirjan luomiseen R Markdownin kautta. Alkaen asiakirjan asettamisesta, selitimme kuinka muokata, tallentaa ja avata juuri luotua R Markdown -tiedostoa ja tarkastella sen otsikkolohkoa, tekstilohkoa, koodilohkolohkoa ja plot-lohkoa.